Een bacteriële aantasting kan daarentegen zowel onder als boven de grondwaterstand plaats vinden. De bacteriën kunnen overal aanwezig zijn. Het proces van aantasting verloopt veel langzamer dan paalrot en beperkt zich niet tot het bovenste gedeelte van de paal. De bacteriën eten zich als het ware door de paal heen. Het proces van volledige aantasting kan wel 40 tot 70 jaar duren.
De bacteriën tasten de gehele paal aan. Veelal blijft er weinig van de dragende paaldiameter over.
In beide gevallen, schimmelaantasting en bacteriële aantasting, leidt dit tot onvoldoende constructief draagvermogen.